台灣地區地震活動頻繁，為提昇國內地震學之研究水準，教育部特於79學年度核准本校成立全國第一所地震研究所。此外，為配合台灣的環境需要以及世界性地球物理研究的發展趨勢，本校亦於83學年度奉部核准創設獨立之應用地球物理研究所。另外，為培育新生代研究人員，地震所於86學年度成立博士班。而兩所無論在研究、教學或資源等各方面，皆可謂相輔相成。

此外，因地球與環境科學系的設立引進了新的環境科學研究人才，故應用地球物理研究所於97年更名為應用地球物理與環境科學研究所。為配合教育部系所合一之政策並促使領域整合能有積極之成效，本系於97年校務會議通過系所整併，預計於98年更名為地球與環境科學系（含地震學碩士班、地震學博士班、應用地球物理與環境科學碩士班、應用地球物理與環境科學在職專班）。

之後因社會對災害相關議題的關注，本系亦於108學年度新增地球與環境科學災害應變碩士在職專班，提供對地球科學、災害應變有興趣的產官學的專業人員進修的機會。

對於博士班的招生，近幾年透過與本校理學院各系所聯合招生的方式，使招生名額得以靈活運用。此外因應系上師資多元且擴大老師的研究能量，經由系上多次開會討論，107學年度決議將原有地震學博士班更名為地震學暨地球與環境科學博士班，藉此將可吸引不同領域的學生就讀。教育部已於108學年度暑假通過更名案，並於110學年度生效，未來可培養更多相關領域的人才。